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PCR反應出現(xiàn)假陽性是什么原因造成的,你知道嗎
聚合酶鏈式反應(PCR)是一種用于放大擴增特定的DNA段的分子生物學技術(shù),它可看作是生物體外的特殊DNA復制,PCR的特點是能將微量的DNA大幅增加。因此,無論是化石中的古生物、歷史人物的殘骸,還是幾十年前兇殺案中兇手所遺留的毛發(fā)、皮膚或血液,只要能分離出一丁點的DNA,就能用PCR加以放大,進行比對。這也是“微量證據(jù)”的威力之所在。由1983年美國Mullis首先提出設想,1985年由其發(fā)明了聚合酶鏈反應,即簡易DNA擴增法,意味著PCR技術(shù)的真正誕生。到如今2013年,PCR已發(fā)展到第三代技術(shù)。1976年,中國科學家錢嘉韻,發(fā)現(xiàn)了穩(wěn)定的Taq DNA聚合酶,為PCR技術(shù)發(fā)展也做出了基礎性貢獻。
PCR是利用DNA在體外攝氏95°高溫時變性會變成單鏈,低溫(經(jīng)常是60°C左右)時引物與單鏈按堿基互補配對的原則結(jié)合,再調(diào)溫度至DNA聚合酶適合反應溫度(72°C左右),DNA聚合酶沿著磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互補鏈。基于聚合酶制造的PCR儀實際就是一個溫控設備,能在變性溫度,復性溫度,延伸溫度之間很好地進行控制。
引物設計的基本原則
1.引物長度:15-30bp,常用為20bp左右。
2.引物堿基:G+C含量以40-60%為宜,G+C太少擴增效果不佳,G+C 過多易出現(xiàn)非特異條帶ATGC隨機分布,避免5個以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列參照。
3.引物內(nèi)部不應出現(xiàn)互補序列。兩個引物之間不應存在互補序列,尤其是避免3 ′端的互補重疊。
4.引物與非特異擴增區(qū)的序列的同源性不要超過70%,引物3′末端連續(xù)8個堿基在待擴增區(qū)以外不能*互補序列,否則易導致非特異性擴增。
5.引物3‘端的堿基,特別是罪末及倒數(shù)第二個堿基,應嚴格要求配對,選擇是G和C。
6.引物的5′端可以修飾。如附加限制酶位點,引入突變位點,用生物素、熒光物質(zhì)、第高辛標記,加入其它短序列,包括起始密碼子、終止密碼子等。
當PCR反應出現(xiàn)假陽性是什么原因,如下:
1) 引物設計不合適:選擇的擴增序列與非目的擴增序列有同源性,因而在進行PCR擴增時,擴增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出現(xiàn)假陽性。需重新設計引物。
2) 靶序列或擴增產(chǎn)物的交叉污染:這種污染有兩種原因:一是整個基因組或大片段的交叉污染,導致假陽性。這種假陽性可用以下方法解決:操作時應小心輕柔,防止將靶序列吸入加樣槍內(nèi)或濺出離心管外。除酶及不能耐高溫的物質(zhì)外,所有試劑或器材均應高壓消毒。所用離心管及樣進槍頭等均應一次性使用。必要時,在加標本前,反應管和試劑用紫外線照射,以破壞存在的核酸。二是空氣中的小片段核酸污染,這些小片段比靶序列短,但有一定的同源性??苫ハ嗥唇?,與引物互補后,可擴增出PCR產(chǎn)物,而導致假陽性的產(chǎn)生,可用巢式PCR方法來減輕或消除。
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